Toldboden bliver i dag brugt som udstillingsbygning for Østfyns Museer og Kerteminde Kunstforening
Toldbodens historie 
Toldboden er en af de ældste bygninger i byen, opført af Odense-købmand, Niels Bager, omkr. år 1590, da Kerteminde fungerede som havneby for Odense.
I 1659 under Svenskekrigen benyttede svenskerne bygningen som hovedkvarter, og da den dansk-hollandske flåde skulle tilbageerobre byen, blev bygningen skudt i grus og først genopført i 1735, som årstallet på facaden angiver. Frem til 1800 var bygningen det eneste grundmurede, verdslige byggeri i Kerteminde.
Fra 1848 til 1970 indeholdt bygningen den funktion, der har givet den det nuværende navn, Toldboden.
Særudstillinger
I løbet af året afholdes tre kulturhistoriske udstillinger på Toldboden.
I perioden juni, juli og august arrangeres en større udstilling med et aktuelt historisk emne.
I oktober, som regel et par uger omkring efterårsferien, vises i samarbejde med de lokalhistoriske arkiver i kommunen en udstilling om et lokalt tema.
Endelig afholdes i december en udstilling med smagsprøver på de nyerhvervelser, der er tilgået museets afdelinger i årets løb.
Kerteminde Kunstforening udstiller sædvanligvis i månederne januar - maj samt september - november.
